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@cherryonyx
このゲームは3つのゲームからなる3部作に分割されるはずだったが、後に3章構成の1つのゲームに変更された。
4つの国家によって所有された4つのクリスタルがあった：ルシス（日本の東京がモデル）、アコルド（イタリアのヴェネツィアがモデル）、テネブラエ（中世ドイツ・東洋のテーマを組み合わせたもの）、そしてソルハイム（アラビアがテーマ）。5つ目の国家、ニフルハイムは、過去にソルハイムを占領し、やがてテネブラエとアコルドも征服して、すぐに彼らのクリスタルの力を全部使い果たしたことで、ルシスのクリスタルがイオスにおける最後の活動中のクリスタルとなり、このゲームの主な争いを引き起こす。ニフルハイム自体は本来エルダーキャプト家によって過去に1つの国家として統合された「クリスタルのない」国々によって成り立っていた。
最初のゲーム（または章）はニフルハイムによるインソムニアの侵略から始まった（キングスグレイブの映画の代わりに）
侵略はニフルハイムの皇帝であるイドラとレギス王の従兄弟であり、グラディオラスとイリス・アミシティアの父であるクレイラス・アミシティアによって画策されたが、クレイラスの役割は最初のゲーム・章では明らかにされていなかった。
グラウカはコル・レオニス（双子の兄弟？）と関係のあるルシスの将軍として紹介され、クレイラスに忠誠を誓っており、侵略の計画を助けるためにニフルハイムに協力していることが示されている。王都警護隊の中で「最強の」将軍である。彼はレギスを殺さず、クレイラス自身が最初のゲーム・章の終わりにレギスを殺す。
ノクティスはこのゲーム・章で初めてアラネアと会って戦う。彼女はニフルハイムによって雇われた傭兵であり、後に勤務時間が終わるとニフルハイムのために仕事をするのをやめるが、それは最終版のゲームにあるのとちょうど似ている。
レイヴスは最初のゲーム・章のラスボスだった。彼とステラ・ノックス・フルーレはどちらもテネブラエ出身で、レイヴスはニフルハイムがルシスを侵略する真の意図を知っていたが、ステラは知らなかった。フードを被った姿の彼に最初のゲーム・章で何度か遭遇した後、彼はボス戦でステラの兄であると明かす。名目上はニフルハイムの将軍だが、彼は密かにアーデンに仕えており、アーデンの命令の下でノクティスを保護して捕えるためにその場にいた（最初のゲーム・章の間、アーデンがレイヴスの主人であるということは隠されている）。ボス戦の後に、レイヴスはなんとかノクティスの元から脱出する。
アーデンは最初のゲームのほとんどでおどけた飄々とした官僚として描かれ、最終版のゲームで描かれているのとほとんど同じであり、他のニフルハイムの真面目で計算高い将軍たちとは対照的に、どうも裏で糸を引いている人物のようだと分かる最初のゲーム・章で示されるごくわずかな手掛かりとともに描かれていた。
最初のゲーム・章はニフルハイムのルシス侵略が成功し、他の国々と彼のクリスタルの力を共有することに同意したクレイラスの下でルシスの新しい傀儡政権が発足されるところで終わる。ノクティスと彼の仲間は王都を脱出し「復讐」を企てるための安全な避難場所を探す。コル、イリス、等のような他のキャラクターも王都から脱出する。
2番目のゲーム・章では、ノクティスと彼の仲間は大陸を旅してコル・リオニスに会い、彼はノクティスにクレイラスが彼の父親を殺し王座を奪うためにニフルハイムと協力していたことを明かし、ノクティスを激昂させる。落ち着きを取り戻した後、ノクティスとコルはグラディオラスにクレイラスの役割を今は隠しておくことに決める。（情報漏洩者のメモ：グラディオラス、イリス、そしてその他の人々はクレイラスはニフルハイムによって「人質」にされていると思っており、クレイラスが彼らを積極的に助けていたとは思っていなかった）
コルの計画はルシスの真の王がまだ生きているという声明を発表することによってニフルハイムに対抗する他の国々の間で反乱軍を組織することであり、アコルドで自分に会うようにノクティスに話した。
アコルドのリーダーと会談している間、ノクティスを信頼していなかった密告者がノクティスがそこにいることをニフルハイムに伝え、ニフルハイムの下で特権的な地位を得ていたその街を再び占領するためにニフルハイムが軍隊を送り込むことを引き起こす。（リヴァイアサンがこの時にニフルハイムから街を「守る」ために目覚め、ノクティスは暴走するリヴァイアサンを殺さなければならなくなる）
街がもはやノクティスにとって安全な場所ではなくなると、コルと仲間たちはレイヴスとステラ・ノックス・フルーレが不在で現在は「神の使い」の監視下にあるテネブラエに向かうことを決める。ノクティスはまた彼が、最初のゲーム・章における、両者ともエトロの光を見ることができことについて話し、それ以来彼の夢・幻覚の中に現れるあの忌々しい「パーティーシーン」の間に出会ったステラの行方を知ることを望んでいる。
テネブラエに到着してすぐに、彼らはテネブラエの「北」の大地（この地域は最後のゲームから削除され、ゲンティアナの役割は変更された）から来た神の使い（ゲンティアナ）と会った。彼女は東洋風の服装を身に着けており、通常はより幻想的なヨーロッパ風の服装を身に着けている、他のテネブラエの人々とは異なっている。彼女には2人の補佐がおり、一人は男性で一人は女性であり、彼らは人間と動物の姿に変わることができる。
（伝承の回想）ゲンティアナはイオスの起源についてノクティスに話した。イオスは女神エトロによって創造され、エトロはこの新しい世界の人々を見守るために守護者を任命した。その「守護者」はイオスの人間が常に4つのクリスタルの力を巡って互いに争っていることに気付いたので、彼は人間同士の争いを終わらせるために人間にとっての共通の敵を生み出して人間を結束させそれに対抗させるという考えを思い付いた。その敵はいつしかシガイとして知られるようになった。エトロは彼の計画を認めず、彼の力を奪い、彼を永遠に生身の人間の身体にしてしまった。ゲンティアナは帝国軍によって利用されている現在のシガイが守護者によって生み出されたのと同じシガイであることを恐れ、ニフルハイムを支配する家が守護者と関係があるのではないかと推測する。ゲンティアナはノクティスにステラが待っているであろうニフルハイムに行き、シガイの源を明らかにして滅ぼすこと、テネブラエはきっとノクティスにとって王座を取り戻す助けになるだろうということを話す。
ニフルハイムの大陸は産業革命期のイギリスに基づいており、大陸の各地に大きな鉱山と製錬工場があった。首都はより現代的であった。
ノクティスと仲間はステラに会えるはずであった場所に到着したが、彼らは代わりにレイヴスに率いられたニフルハイムの兵士たちに待ち伏せされた。レイヴスは前の対戦でひどく傷を負っていた。
拘束されながら、レイヴスはノクティスの敵ではなく、彼がニフルハイムからテネブラエを解放するために動いていることをノクティスに説明した。彼はノクティスと彼の友人を解放し、ヴァ―サタイルによってシガイ研究が行われている場所を彼に伝える。
研究所に入ると、プロンプトは自身の自由が利かなくなり、パーティーを離脱する。研究所では多くの人体実験が行われており、特にソルハイムやニフルハイムの外の人間が使われていた。本来のプロットでは、シガイは人間の「本物の」形態になるはずだった。パーティーはプロンプトを制御していたヴァ―サタイルを見つけ、彼はプロンプトが自分の息子でありこの失敗作に実験を行ったと明かす。ヴァ―サタイルの目的は人間の本物の潜在能力を引き出すことであるとし、彼は半人間、半シガイへと変貌を遂げる。パーティーは彼を倒しプロンプトを救出する。
パーティーは皇帝を倒すと決めた。パーティーが皇帝を見付けると、彼は彼の目的がクリスタルの力に取って代わる科学技術を生む研究を行うために最後のクリスタルの力を利用し、エルダーキャプト家がその科学技術を独占することで永遠に世界を支配することであると明かす。彼らは戦うが、アーデンが介入し、そんな研究は時間の無駄だと言って皇帝を殺す。それからアーデンは彼が最初のゲーム・章でのレイヴスの主人であり、ゲンティアナが話していた「守護者」であり、ヴァ―サタイルにシガイ研究を唆した人物であることを明かす（情報漏洩者によるとアーデンはこの時点までほとんど登場シーンがなかったので、これは非常に驚くべきことになるはずだったという）。
（伝承の回想）アーデンはニフルハイムの建国以来他の国々を征服するために何世紀にもわたってニフルハイムを支援してきたと彼に言う。彼は人間の生の感情を解き放つことによって「シガイ」を生み出したが、エトロは彼の力に嫉妬し、代わりに世界を支配するために愛によって生まれた息子を送った。これがやがてノックス・フルーレ家になった。しかしエトロが彼女の王国に戻る前に、彼女は別の人間によって誘惑され、エトロの力を持った不義の子を生んだ。これがやがてルシス・チェラム家になった。エトロは自分の愚かな行為を恥じて二度と戻らないように世界から去った。アーデンの目的は世界に残っているクリスタルを全て使い果たし、ノックス・フルーレとルシス・チェラムの子孫、そして人間とシガイの間に争いを生み、エトロが無意識のうちに彼女の子供達（ノックス・フルーレとルシス・チェラム）と会うことを望むことでエトロにこの世界に門を開かせ、 アーデンが神の国に戻ることであった。そのためには、ノクティスが彼の全ての生の感情を解き放つことを必要とし、アーデンは、復活した、醜悪なヴァ―サタイルのシガイをパーティーに送り込む（ラスボス戦）。その結果帝都の大部分が爆破され、ノクティスとパーティーは逃走せざるを得なくなる。彼らが建造物から逃げようとしている時、ステラが彼らを救う（最初のゲーム・章の冒頭以来ステラがゲームに登場したのは今回が初めてである）。2番目のゲーム・章はノクティス、彼の仲間、そしてステラがニフルハイムを去り、イドラが死んだことが発表されヴァ―サタイル（か誰か）がニフルハイムの新しい皇帝となることが発表されるところで終わる。
最後のゲーム・章はノクティス、彼の仲間、そしてステラがテネブラエに戻るところで始まる。ノクティスはアーデンから聞いた情報のせいで未だにショックを受けていた。ステラは彼らの家についての真実をアーデンから知ったレイヴスから教わったと説明した。レイヴスは3つの使い果たしたクリスタルに光を取り戻すためにエトロが戻らなければならず、そのためにはノクティスとルシス・チェラム家を打ち倒してエトロを彼女の羞恥心から解放してやるしかないと信じていた。だからレイヴスはアーデンの唯一の目的が神の国に戻ることであり、それを実現するためにはイオスを滅ぼすことも厭わないという彼の真意を知るまではこの目的を実現するためにアーデンと協力していた。一方、ステラは、ゲンティアナの助言を受け、エトロがこの世界に戻るためには他に方法があると信じており、エトロの子孫として、エトロと対話する能力（エトロの光）を持つべきであると考えた。ノクティスは、彼の一家についての真実を知っていたはずであった彼の父親に怒っており、今のところはステラに同意して彼らはクリスタルと対話するためにルシスに戻ることに決める。
ルシスに向かう途中、クリスタルと対話するためにノクティスとステラは7つの星（召喚獣）を得た。イフリート（ソルハイムの近く、現在はニフルハイムの近く）、バハムート（ニフルハイムの近く）、フェンリル（テネブラエの近く）、シヴァ（テネブラエ、ゲンティアナによって）、リヴァイアサン（アコルド）、タイタンそしてラムウ（ルシスの近く）
ルシスでは、ノクティスと彼の一行は王都城に潜入し、そこでグラウカと遭遇する。これは負けイベントであり、そこから逃げなければならない。
グラディオラスは彼の父親がレギス王暗殺に関与した人物であったことを知り、ノクティスか彼の父親のどちらに忠誠を誓うべきかついて疑念を抱いたためにパーティーを離脱する
ノクティスはクレイラスと対峙し、彼はノクティスの父親（レギス王）はエトロの呪いを終わらせるために彼の血筋を終わらせる覚悟をしていたが、クレイラスはそのような覚悟ができていなかったので、彼から王座を奪うためにニフルハイムと手を組んだことをノクティスに話す。クレイラスはその後ノクティスに剣を振りかざすが、グラディオラスがその一撃を防ぎ、殺されたことが、ノクティスの生の感情を解き放たせてクレイラスを殺すことを引き起こす。（アーデンの条件の一つが満たされる）
レイヴスが到着し、ノクティスは今やシガイと変わらず、倒されなければならないと言う。プレイヤーはこのボス戦でレイヴスとして戦う。一回戦目の後、ボス戦は二回戦目で負けイベントとなり、ノクティスはレイヴスを倒す。
レイヴスはイオスの命運は今やステラの手に託されているとステラに話した。ノクティスはルシスのクリスタルから残りの力を全て吸収し、世界中の4つのクリスタルが砕けることを引き起こし、それが多くの人々の感情を解き放ってシガイへと変貌させることを引き起こす。ルシスのクリスタルの周辺が死の王国への門に変わり、全員を中へと引き込んだ。
死の王国で、ステラとパーティーはエトロを見つける（グラディオラスを含む各パーティーメンバーは死の王国で試練を受けなければならなかった）。エトロは眠っており （ロゴと同じポーズ）ステラは彼女に目覚めるように懇願するが、アーデンが到着し、エトロはイオスやそこに住む人々にもはや関心がないので無駄だと言う。それからアーデンは復讐のためにエトロを殺そうとするが、代わりに彼女の中に取り込まれてしまう。これがエトロを目覚めさせる原因となり、彼女はイオスに起こったことについて恐れていたが、やっとノックス・フルーレ（ステラ）と再会できたことに喜んでいた。エトロはステラにイオスを捨てて自分の許に留まらないかと尋ねるが、ステラが拒み、アーデンとエトロの複合体のアーデンの部分が大きくなり、ステラも取り込まれてしまう。
ノクティスに操作が戻ると、ノクティスは死の王国で彼の父親と母親、アウレア・ルシス・チェラムに関わる試練を受けた（子供時代のノクトのパート）。彼の父親と母親がどれほど彼を愛していたかを見た後、彼の一家とその起源に対する彼の憎しみは和らぎ、彼は正気を取り戻す。ノクティスは彼の試練から抜け出すとアーデンとエトロとステラの複合体を見つける。今や彼はパーティーと合流し、その複合体と戦い、最初にアーデンとエトロとステラの複合体を破壊し、次にエトロとステラの複合体を破壊し、最後にステラ単体と戦う（ラスボス戦）。ステラを解放した後、ノクティスはステラにそうしないで欲しいと嘆願されたにもかかわらず、イオスをエトロの羞恥心から永遠に解放するために彼はエトロと死の王国に残ることを彼女に話す。
ノクティスはエトロと融合し、やがて門が開きステラと残りのパーティーは向こう側へ押し退けられる。最後のゲーム・章は、イグニスに率いられているルシスとニフルハイムの王政が終わるところで終わり、ステラはゲンティアナの手に委ねられているテネブラエを去り旅に出て、ルシスの王座に座るノクティスは眠っている。
その他
・最大4人の交換可能なパーティーメンバーがいた。追加のパーティーメンバーはある条件を満たすことで「ストーリーではない」クエストを開放することができた。コル（2番目のゲーム・章で彼に会った後）、アラネア（2番目のゲーム・章で彼女の傭兵部隊に関する一連のクエストをクリアした後）、イリス（2番目のゲーム・章で彼女に関する一連のクエストをクリアした後）そしてステラ（3番目のゲーム・章）
・レイヴスは、ステラのものと似た、ノックス・フルーレのファントムソードで戦った。人間の姿のアーデンは、傘に隠した銃で戦った。
・2番目のゲーム・章から始まる、ニフルハイムの将軍であるロキが関わる一連のサイドクエストがあった。彼は最終版とは異なる見た目だった。
・ドライブは最終版とは異なり、オープンワールドのエリアは都市と主要エリアの周囲に存在していたが（アコルド、テネブラエ、そしてニフルハイム）、それらははるかに小さく、エリアを攻略した後に別のエリアに瞬間移動することになっていた
・ソルハイムは探索エリアではないが、回想シーンで多く見られ、その住民のほとんどは現代では死んでいた